Kerkuilen broeden in het hele land in agrarisch gebied, incidenteel ook in steden. De dichtheden zijn het hoogst in delen van Noordoost- en Oost-Nederland en het laagst in de Randstad.

In de Hoeksche Waard broeden een aantal paartjes en ze worden een handje geholpen door het plaatsen van uilenkasten door de Uilenwerkgroep.

De jaarlijkse aantallen variëren enorm als gevolg van fluctuaties in het voedselaanbod - vooral Veldmuizen - en sterfte; deze kan hoog zijn in sneeuwrijke winters maar ook bij aanhoudend koud, winderig en nat weer.